Od połowy 2012 roku częścią muzeum jest lapidarium (łac. lapidarus – kamienny) – ogród skalny znajdujący się na terenach zielonych przy Instytucie Geologii UAM, kilkadziesiąt metrów od samego muzeum. Pod gołym niebem wystawiono w nim eksponaty obrazujące sposób wykorzystania kamieni w architekturze, rzeźbie oraz w budownictwie.
Lapidarium powstało w 1994 roku, w 75 rocznicę powstania Uniwersytetu Poznańskiego. Wystawione eksponaty zostały przekazane między innymi przez pana Henryka Walendowskiego, Wojewódzką Dyrekcję Dróg Miejskich w Poznaniu, a także mistrzów kamieniarskich z Poznania oraz okolic. Obiekty kamieniarskie prezentowane w lapidarium zostały wykonane między innymi z:
- granitu (w tym granitu strzegomskiego),
- wapieni i marmurów (szwedzkie wapienie ordowickie, marmur „Sławniowice szare”, belgijskie czarne wapienie),
- piaskowców (między innymi z okolic Nowej Rudy),
- łupków (w tym karbońskich fyllitów),
- trawertynu,
- gnejsów skandynawskich.
Ekspozycja została podzielona na cztery działy:
- kamień w przyrodzie,
- kamień w architekturze i rzeźbie,
- kamień w budownictwie drogowym,
- kamień użytkowy.
W kolekcji lapidarium znajdują się także dwa duże głazy narzutowe (100-tonowy oraz ponad 20-tonowy – będący pomnikiem przyrody nieożywionej). Na drugim z nich widoczny jest wygład lodowcowy oraz rysy i zadziory lodowcowe, powstałe podczas przesuwania się ponad głazem lądolodu skandynawskiego.
W lapidarium prezentowane są również trzy fragmenty pni czarnych dębów znalezionych na terenie Poznania, w okolicach ul. Garbary. Ich wiek oszacowano na około 2700 lat.
Więcej informacji na stronie domowej studenckiego projektu Lapidarium.